MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/943

Total Repeats: 2642

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021896	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_021896	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021896	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021896	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021896	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021896	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021896	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021896	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021896	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021896	CAA	2	6	442	447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021896	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021896	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021896	CTC	2	6	614	619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_021896	GAT	2	6	676	681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021896	GAT	2	6	730	735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021896	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021896	ATG	2	6	793	798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021896	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_021896	CTT	2	6	1013	1018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021896	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021896	A	6	6	1203	1208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021896	AAG	2	6	1220	1225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021896	TGG	2	6	1236	1241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021896	CTT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021896	T	7	7	1247	1253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021896	A	6	6	1258	1263	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021896	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021896	TC	3	6	1598	1603	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_021896	T	6	6	1639	1644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021896	TAA	2	6	1651	1656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021896	T	7	7	1661	1667	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021896	TC	3	6	1670	1675	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021896	A	6	6	1733	1738	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021896	GCA	2	6	5055	5060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_021896	A	6	6	5066	5071	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021896	AGA	2	6	5082	5087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021896	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021896	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021896	CTT	2	6	6362	6367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021896	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021896	GA	3	6	6998	7003	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021896	A	6	6	7013	7018	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021896	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021896	GAA	2	6	7077	7082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021896	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021896	TTA	2	6	7154	7159	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021896	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021896	GAA	2	6	7203	7208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021896	ATG	2	6	7239	7244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021896	A	6	6	9132	9137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021896	TTC	3	9	9177	9185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021896	ATC	2	6	9193	9198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021896	A	6	6	9217	9222	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021896	GAA	2	6	9231	9236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021896	A	6	6	9287	9292	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021896	TATT	2	8	9311	9318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021896	CCT	2	6	9332	9337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_021896	AG	3	6	9353	9358	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021896	TAG	2	6	11195	11200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021896	AGAA	2	8	11205	11212	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021896	CTT	2	6	11245	11250	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021896	TA	3	6	11251	11256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021896	TCA	2	6	11282	11287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021896	TA	3	6	13342	13347	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021896	ATT	2	6	13376	13381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021896	AAG	2	6	13393	13398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021896	TTA	2	6	13419	13424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021896	AAGG	2	8	13441	13448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021896	AAG	2	6	13453	13458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021896	AAC	2	6	13537	13542	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021896	TA	4	8	13566	13573	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021896	CTT	2	6	14960	14965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021896	CAAA	2	8	16075	16082	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021896	AG	3	6	17518	17523	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021896	GA	3	6	17531	17536	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021896	GTT	2	6	17633	17638	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021896	AGA	2	6	18379	18384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021896	AAT	3	9	18441	18449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021896	CT	3	6	18453	18458	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021896	TCT	2	6	18469	18474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_021896	TGCG	2	8	18529	18536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_021896	CTT	3	9	19895	19903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021896	T	6	6	19902	19907	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021896	T	6	6	19909	19914	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021896	A	8	8	20391	20398	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021896	A	6	6	20407	20412	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021896	GAA	2	6	20420	20425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021896	A	6	6	20482	20487	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021896	AG	3	6	20519	20524	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021896	A	6	6	20557	20562	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021896	GGA	2	6	20614	20619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021896	AGA	3	9	20654	20662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021896	GA	3	6	20677	20682	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021896	TGG	2	6	20873	20878	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021896	AAC	2	6	20912	20917	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021896	AGC	2	6	20929	20934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_021896	GCCA	2	8	21023	21030	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021896	TGA	2	6	21130	21135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021896	AG	3	6	21194	21199	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021896	TCC	2	6	21247	21252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_021896	CT	3	6	21263	21268	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_021896	CGCT	2	8	21271	21278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021896	TTAA	2	8	21292	21299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021896	GTTA	2	8	21329	21336	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021896	GATC	2	8	21384	21391	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_021896	AAT	2	6	21423	21428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021896	A	7	7	24563	24569	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021896	TTA	2	6	24576	24581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021896	T	8	8	24591	24598	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021896	GA	3	6	26514	26519	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021896	CT	3	6	26521	26526	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_021896	ACT	2	6	26529	26534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_021896	A	6	6	26545	26550	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021896	T	7	7	26557	26563	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021896	T	7	7	27871	27877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021896	TAA	2	6	27882	27887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021896	TC	3	6	27889	27894	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021896	ATTG	2	8	27940	27947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021896	AG	3	6	27972	27977	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021896	AGA	2	6	27994	27999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021896	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021896	CTG	2	6	33123	33128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021896	GA	3	6	36386	36391	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021896	T	8	8	36420	36427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021896	CTT	2	6	36479	36484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_021896	AT	3	6	36487	36492	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021896	CT	3	6	38754	38759	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_021896	TAA	2	6	38817	38822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021896	T	6	6	38837	38842	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021896	AAG	2	6	38858	38863	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021896	A	7	7	40115	40121	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021896	CT	3	6	40124	40129	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_021896	T	6	6	40129	40134	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021896	CTC	2	6	40135	40140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_021896	AAG	2	6	40220	40225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021896	T	8	8	40310	40317	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021896	AG	3	6	42250	42255	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021896	AAG	2	6	42267	42272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021896	CT	3	6	42316	42321	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_021896	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_021896	ATG	2	6	42377	42382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021896	GAG	2	6	42391	42396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021896	T	6	6	42436	42441	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021896	T	8	8	42483	42490	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021896	ACC	2	6	42535	42540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_021896	A	7	7	42582	42588	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021896	GAT	2	6	42606	42611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021896	AAG	2	6	42612	42617	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021896	AG	3	6	42646	42651	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021896	A	6	6	42652	42657	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021896	GGA	2	6	42664	42669	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021896	TAA	2	6	42762	42767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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443	NC_021896	TAA	2	6	144280	144285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_021896	T	7	7	144344	144350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
445	NC_021896	T	7	7	144373	144379	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
446	NC_021896	T	7	7	144406	144412	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
447	NC_021896	TAA	2	6	150525	150530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
448	NC_021896	A	6	6	150529	150534	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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450	NC_021896	T	6	6	150569	150574	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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452	NC_021896	AAG	2	6	151529	151534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
453	NC_021896	GTT	2	6	151537	151542	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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461	NC_021896	A	6	6	153415	153420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
462	NC_021896	GCG	2	6	153437	153442	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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465	NC_021896	TAA	2	6	157376	157381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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473	NC_021896	T	6	6	158916	158921	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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488	NC_021896	TC	3	6	171834	171839	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
489	NC_021896	AGG	2	6	171860	171865	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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491	NC_021896	CT	3	6	171984	171989	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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500	NC_021896	A	6	6	173137	173142	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

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